polega na zamianie w podwójnym łańcuchu DNA jednej pary zasad na inną, np. zamiana 1 zasady purynowej na inną. Są to z reguły mutacje spontaniczne, jednakże mogą być wywołane przez analogi
to wypadnięcie jednej pary zasad z łańcucha DNA; następuje to pod wpływem hydrolizy, zmiany pH, niskiej temperatury, zasad, które powodują powstanie pochodnych zasad niezdolnych do tworzenia par.
